把各年每次流腦流行株和非流行株收集起來，分別了解其菌株的單克隆化數據，然后用基因分析的方法尋找各克隆型間的聯系，了解各菌群之間的遺傳學關系，根據其內在聯系可追溯流腦的傳染來源。

　　1986年美國就應用上述原理采取多位點酶電泳法對70年代中期以來在挪威及其它歐洲國家收集的460株B、C群流腦菌株，分別提取其菌體酶作水平淀粉凝膠電泳，用不同的底物顯色，出現了不同的酶電泳型；然后進行基因距離的計算，畫出遺傳學圖譜，以顯示國際間菌株傳播的克隆型。研究者從460株中檢出192個克隆型，其中22個克隆型密切相關，而分別來自挪威、西班牙、智利、古巴、南非、美國等流行期。結論說明，1981—1982年美國邁阿密流腦的流行是由古巴移民傳入的。

　　近年德國報道用此法檢測國際上1963年以來23次A群流行及非流行株424株，發現其中7個型是引起國際間傳播的流行株。還發現贊比亞1982—1985年間由患者分離出的菌株都屬一個克隆型。

　　由此可見采用基因分析法既可研究國際范圍內菌群傳播流行的關系，也可了解菌群間遺傳學關系和追溯首發及傳入病例，在流腦流行病學尋找傳染源上有重要意義。