肛瘺的形成，是肛門直腸周圍膿腫發展的必然結果，形成肛瘺大致要經過四個階段：

　　第一個階段：肛隱窩、肛門瓣感染發炎。開始僅限于局部的炎癥，這時若未能及時治療，炎癥即可以向肛門周圍蔓延。

　　第二個階段：炎癥從局部的肛隱窩和肛門瓣開始，逐漸蔓延擴散，形成肛門直腸周圍炎。如果炎癥不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的組織間隙之中。

　　第三個階段：由于肛門直腸周圍組織間隙的抗病能力下降，便成為病菌入侵、擴散、積聚繁殖的地方，致使這里的組織容易感染發炎，正不勝邪，而形成肛門直腸周圍膿腫。若肛門直腸膿腫在早期能夠處理得當，往往可使膿腫消散治愈，不遺留后遺癥；如延誤早期的治療時機或處理不當，組織壞死膿液可順其局部間隙擴散，使病情加重復雜化，因此應盡早手術切開引流，使膿液排泄，控制炎癥發展。

　　第四個階段：肛門直腸周圍膿腫自行破潰或經切開引流換藥處理后，膿腔雖逐漸縮小，但潰瘡卻久不收口，這時腔壁已形成結締組織增生的堅硬管道壁，中間遺留之空隙，這就是瘺道，膿液經常順從瘺道流出，反復感染，反復發作，經久不能自愈，而成為瘺管。