頜骨囊腫疾病類型可根據組織來源和發病部位而分類，由成牙組織或牙的上皮演變而來的，稱為牙源性頜骨囊腫，由胚胎時期的殘余上皮所致的和由損傷所致的血外滲液囊腫等稱為非牙源性頜骨囊腫。

　　牙源性頜骨囊腫發生于頜骨而與成牙組織和牙有關。根據其來源不同，分為以下幾種：

　　1、根尖囊腫是由于根尖肉芽腫、慢性炎癥的刺激，引起牙周膜內的上皮參殘余增生。增生的上皮團中央發生變性與液化，周圍組織液不斷滲出，逐漸形成囊腫，故亦可稱根尖周囊腫。

　　2、始基囊腫發生于成釉器發育的早期階段，牙釉質和牙本質形成之前，在炎癥或損傷刺激后，成油器的星網狀層發生變性，并有液體滲出，蓄積其中而形成囊腫。

　　3、含牙囊腫又稱過濾泡囊腫，發生于牙冠或牙根形成之后，在縮余釉上皮與牙冠面之間出現液體滲出而形成含牙囊腫。可來自1個牙胚(含1個牙)，也來自多個牙者。含牙囊腫是最常見的牙源性頜骨囊腫之一，占18%，僅次于根尖囊腫。

　　4、牙源性角化囊腫系來源于原始的牙胚或牙板殘余，有人認為即始基囊腫。角化囊腫有典型的病理表現，囊壁的上皮肌纖維包膜均較薄，在囊壁的纖維包膜內有時含有子囊(或稱衛星囊腔)或上皮島。囊內為白色或黃色的角化物或油脂樣物。占牙源性頜骨囊腫的9.2%。