沙眼衣原體肺部感染的臨床癥狀及X 線表現均無特異性，故確診有賴于實驗室診斷。那么如何進行診斷檢查呢?

　　1.最可靠的方法是進行沙眼衣原體的培養，取鼻咽部或咽后壁拭子、氣管和支氣管吸出物、肺泡灌洗液等標本培養，新生兒沙眼衣原體肺炎可同時取眼結膜刮屑物培養和(或)涂片直接熒光法(DFA)檢測沙眼衣原體。分離物可用沙眼衣原體種特異性單克隆抗體進行鑒定。

　　2.應用PCR 試驗對上述標本進行檢測對診斷有很大幫助，但需要注意質量控制，防止出現假陽性結果。

　　3.微量免疫熒光試驗(MIF)是目前國際上標準的且是最常用的沙眼衣原體血清學診斷方法，尤其適用于新生兒和嬰兒沙眼衣原體肺炎的診斷，因為可檢測出患兒血清中存在高水平的非母體IgM抗體(不通過胎盤屏障)。血清學診斷標準為：MIF 試驗IgG≥1∶512 和(或)IgM≥1∶32，在排除類風濕因子(RF)所致的假陽性后可診斷為近期感染，雙份血清抗體滴度4 倍或以上升高也診斷為近期感染。