以往對于淋病性尿道炎，注射盤尼西林是相當有效的治療，近年來由于非淋病性尿道炎的病患增加，及淋病菌本身對抗生素的抵抗力增加，造成抗生素的治療也需要適當的調整。以近來經驗來說，由于病患常常是同時有淋病及非淋病性的尿道炎感染，醫師在治療時，常常要合并使用多種抗生素藥物，才能有效的根除感染，對于婦女停經后造成的萎縮性尿道炎，則應考慮給予荷爾蒙的補充治療。