對于單純性腎囊腫來說也是如此，其內因是機體組織代謝水平的變化，其外因也包括藥物（特別是改變膠原代謝的藥物）與感染、情志變化與鍛煉水平、勞逸失當與飲食不周等。機體組織代謝水平的變化也在各種外因條件的作用下，或造成小管基底膜力量的減弱而逐步形成憩室，或導致小管上皮細胞代謝失常而脫落并異常增生，或局部缺血以及髓質和乳頭間質纖維化等均可引起小管梗阻而使囊腫發生。同理，機體組織代謝水平的變化是客觀存在的，不以人的意志為轉移的，而此外的其他因素則是人為可變的，這就是并非人人都發生腎囊腫的重要原因。