多囊腎的確切發病原因到目前為止還不明確。僅知本病為一種家族遺傳性疾病，其遺傳基因在第16號染色體上，但具體的基因產物還不清楚。由于基因的突變而導致腎臟某些細胞生長的改變和間質形成異常，從而出現多囊腎。盡管在此以前有很多解釋多囊腎的學說，但無一被證實。如早年Hidebrandt的學說認為在腎發育過程中腎小管未與集合管連接或連接錯誤，使腎小球濾液不能排出，腎小管便擴張形成囊腫。另一假說認為被更新的腎單位，在發育過程中沒有被吸收反而擴張形成囊腫。