如果艾滋病病毒攜帶者感染的病毒量很大，病毒繁殖很多，這樣在潛伏期中（包括部分窗口期）就可檢查HIV抗原，作為急性感染病例早期診斷的依據。

但是，如果感染的病毒不多，病毒在體內繁殖量也小，而且還可能被機體產生的抗體中和，這樣，在潛伏期內就測不出抗原，因而不能對急性感染作早期診斷。

病人感染艾滋病病毒后4—12周開始出現抗體，這時窗口期結束，HIV抗原被大量的HIV抗體中和，因而測不出來，所以在潛伏期中，檢查抗HIV抗體，以診斷病人是否為艾滋病病毒攜帶者。

潛伏期結束時HIV抗原急劇上升，說明體內的艾滋病病毒的復制加快。這時艾滋病的臨床癥狀和體征相繼出現，因此，在潛伏期中，定期檢測HIV抗原水平，可以及早發現艾滋病患者，并作為藥物治療中療效考核及預測艾滋病患者的預后的依據。