結核菌主要通過呼吸道傳播。傳染源主要是排菌的肺結核病人（尤其是痰涂片陽性、未經治療者）的痰。健康人吸入病人咳嗽、打噴嚏時噴出的帶菌飛沫，可引起肺部結核菌感染。傳染的次要途徑是經消化道進入體內。少量、毒力弱的結核菌多能被人體防御機能殺滅；只有受大量毒力強的結核菌侵襲而人體免疫力低落時，感染后才能發病。其他感染途徑，如通過皮膚、泌尿生殖道，則很少見。