一般認為系由于肝臟外界環(huán)境中的各種有害因素（主要是化學(xué)致癌物）和體內(nèi)某些致癌物的長期作用，使肝細胞（或膽管細胞等）發(fā)生過度增生，導(dǎo)致正常結(jié)構(gòu)遭受破壞而形成的一種惡性腫瘤。根據(jù)國內(nèi)外大量研究資料分析，認為其發(fā)生的原因主要有以下幾種：

　　（1）病毒性肝炎：主要是乙型與丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝與乙肝病毒攜帶者，其原發(fā)性肝癌的發(fā)生率要比正常人高出12～100倍；約80％的肝癌患者可查到乙型肝炎的e抗原、e抗體與核心抗體三項指標皆為陽性。在肝癌的高發(fā)地區(qū)，約20％的人可能是乙型肝炎或乙肝病毒攜帶者。

　　（2）黃曲霉毒素（AFT）：以黃曲霉素民為最重要的致癌物質(zhì)。適宜于高溫、高濕的氣候環(huán)境中生長繁殖，尤其是夏季的霉變食物及谷物、飼料等，最易被黃曲霉菌污染而產(chǎn)生黃曲霉毒素，長期食用含此毒素的食物可誘發(fā)肝癌。

　　（3）水源污染：飲用水質(zhì)的嚴重污染，是肝癌發(fā)生的重要誘因之一，尤其是污染的溝水，其次為河水，井水最低。放在沒有自來水設(shè)施的鄉(xiāng)村，應(yīng)提倡飲用井水。

　　（4）化學(xué)致癌物質(zhì)：能引起肝癌的化學(xué)物質(zhì)以體亞硝基化合物為主，如亞硝肢和亞硝酸胺等。此外，農(nóng)藥、酒精、黃樟素等亦均能誘發(fā)肝癌。

　　（5）其他因素：營養(yǎng)過剩（大量營養(yǎng)素）或營養(yǎng)缺乏（如維生素AB2缺乏）、血色病、寄生蟲感染及遺傳等，也是誘發(fā)肝癌的危險因素。

　　（6）免疫狀態(tài)：有人認為肝癌患者血漿中含有一種封閉因子，能抑制細胞免疫并保護肝癌細胞不受免疫細胞殺傷。現(xiàn)已證明，甲胎蛋白（AFP）就能抑制淋巴細胞和巨噬細胞的吞噬作用。

　　（7）基因突變：近年來，還有人認為，環(huán)境中的突變原和病毒作用激發(fā)肝細胞分裂反應(yīng)途徑的活化，引起細胞的點突變和基因易位，是加速場細胞增殖的可能因素。

　　此外，肝癌的發(fā)生還與非血蛋白的核蛋白對細胞周期的調(diào)控失常，以及細胞內(nèi)外因素如環(huán)核著酸、激素、多肽、生長因子及多胺等有關(guān)。